peleffy.topology.Molecule
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.. currentmodule:: peleffy.topology

.. autoclass:: Molecule

   
   
   
      .. automethod:: __init__
      .. automethod:: from_openff
      .. automethod:: from_rdkit
      .. automethod:: get_conformer
      .. automethod:: get_pdb_atom_names
      .. automethod:: set_conformer
      .. automethod:: set_name
      .. automethod:: set_tag
      .. automethod:: to_pdb_file
   
   

   
   
   .. rubric:: Attributes

   .. autosummary::
   
      ~Molecule.allow_undefined_stereo
      ~Molecule.connectivity_template
      ~Molecule.core_constraints
      ~Molecule.exclude_terminal_rotamers
      ~Molecule.fix_pdb
      ~Molecule.graph
      ~Molecule.hydrogens_are_explicit
      ~Molecule.name
      ~Molecule.off_molecule
      ~Molecule.rdkit_molecule
      ~Molecule.rotamer_resolution
      ~Molecule.rotamers
      ~Molecule.tag